2002年至2004年在穆里尼奥带领下他们先夺得欧洲联盟杯冠军，翌年更勇挫曼联，里昂及拉科鲁尼亚足球俱乐部，在德国盖尔森基兴举行的决赛三比零击败法国俱乐部摩纳哥，十七年后再次成为欧洲冠军杯冠军，成为继1975年至1977年的利物浦第二支连续两年夺得欧洲联盟杯及欧洲冠军联赛冠军的球队，而他们的守门员拜亚也成为欧洲第十一名获得欧洲所有冠军的大满贯球员。

200304赛季是波尔图近年最辉煌的一年，在穆里尼奥的率领下球队赢得了联赛和欧冠双料冠军，但四年后行贿丑闻被揭发出来，这让当年的双冠王辉煌蒙上一层阴影。

二零零八年五月葡超联盟宣判波尔图在0304赛季的两场联赛中行贿成立，并扣除该队那个赛季六个积分当时领先八分夺冠，所以冠军被保留，处以罚金十五万欧元，俱乐部老板若热达科斯塔也遭到停止参与俱乐部足球事务两年、罚款一万欧元的处罚。之前已有五名葡萄牙联赛的裁判因比赛前收到了两千五百欧元的贿赂的理由被剥夺了执法资格，禁哨期为两年半到六年不等，而这笔贿赂案被确定与波尔图有关。

原本准备上诉的波尔图因无法拿出有力证据，只能作罢，而后来欧足联更是正式发表声明，宣布剥夺葡超冠军波尔图队参加下赛季冠军联赛的资格，可是东窗事发前，该队以联赛冠军的身份已经取得直接入围下赛季三十二强小组赛的资格，那一年对于波尔图的打击可是史无前例的。

而这还不是毁灭的，真正的毁灭来自于球员们的离开，既然波尔图已经成了沉船，自然就会有人抢先跳船逃生，第二年波尔图就走了十三个球员，剩下的就是一群老弱病残。